Reprodutibilidade em R e GitHub
NT265/NE441 - Análise de dados e apresentação de gráficos usando a linguagem R
26 de novembro de 2025
Conteúdo
- Reprodutibilidade
- Controle de versão: git e GitHub
- Ambiente reprodutível:
renv - Documentos dinâmicos:
Quarto - Aplicações web (apps):
Shiny
Repositório do GitHub
https://github.com/mauriciovancine/workshop-quarto-git-github
Reprodutibilidade
Capacidade de recriar uma análise e obter os mesmos resultados com os mesmos dados e códigos
Organização do projeto
Projeto R (.Rproj)
- Facilita o trabalho em múltiplos ambientes
- Cada projeto possui seu diretório, documentos e workspace
- Permite controle de versão (git e GitHub)
Organização do projeto
Projeto R (.Rproj)
Organização do projeto
Diretórios e nomes de arquivos
Controle de versão
Quem nunca…
Controle de versão
Manejar projetos individualmente
Controle de versão
Manejar projetos compartilhados
Controle de versão
Manejar projetos no tempo
Controle de versão
Principal ferramenta utilizada em grandes projetos
Controle de versão
Cada vez mais necessário em colaborações
git e GitHub
git
- Software (app) que faz o controle de versão
- Maneja os repositórios locais (computador) e repositório remotos (e.g. GitHub)
git e GitHub
git
- Criado por Linus Torvalds em 2005 para substituir o BitKeeper no gerenciamento do Kernel Linux
- Software livre, distribuído sob a licença GNU GPL v.2
git e GitHub
GitHub
- Repositórios remotos
- Plataformas de hospedagem e controle de versão de arquivos/códigos
git e GitHub
GitHub
- Plataforma de hospedagem de código e arquivos com controle de versão usando o git
- Desenvolvido em 2008 usando Ruby on Rails por ‘computeiros’ de São Francisco
- Em 2018, a Microsoft anunciou a compra da plataforma por US$ 7,5 bilhões
git e GitHub
ATENÇÃO: dois conceitos!
- git: software (app) que faz o controle de versão
- GitHub: plataforma para hospedar códigos versionados
git e GitHub
ATENÇÃO: dois conceitos!
- git: software (app) que faz o controle de versão
- GitHub: plataforma para hospedar códigos versionados
Detalhes do GitHub
Perfil
Detalhes do GitHub
Settings: superior direito > foto do perfil > Settings
Detalhes do GitHub
Settings: superior direito > foto do perfil > Settings
Detalhes do GitHub
Settings
Detalhes do GitHub
Repositório
Detalhes do GitHub
README.md
Criando um repositório
Criar repositório: Perfil > Repositories > New
Criando um repositório
Criar um repositório
- Nome do repositório
- Descrição (opcional)
- Público ou privado
- Add um README.md
- Add .gitignore
- Licença
- Criar repositório
Controle de versão na prática
Duas formas de trabalhar com o git e GitHub
- Iniciando um projeto em nosso computador - localmente (git)
- Iniciando por um repositório remoto - remotamente (GitHub)
Controle de versão na prática
Controle de versão na prática
Controle de versão na prática
Iniciando localmente
git init: inicia o versionamento de um repositório local
Iniciando remotamente
Fork: cópia de um repositório para o seu repositório (GitHub)
Iniciando remotamente
Fork: cópia de um repositório para o seu repositório (GitHub)
Iniciando remotamente
Clonar: download de um repositório remoto (e.g. GitHub) para o seu repositório local (computador)
Iniciando remotamente
git clone: download de um repositório remoto (e.g. GitHub) para o seu repositório local (computador)
Iniciando remotamente
- Download diretamente do repositório no formato .zip
Iniciando remotamente
- Usando o terminal para clonar pelo SSH (configurado anteriormente)
Iniciando remotamente
- Usando o terminal para clonar pelo SSH (configurado anteriormente)
Iniciando remotamente
- Usando o Projeto do RStudio para clonar pelo SSH (configurado anteriormente)
Iniciando remotamente
Criar um Projeto R com controle de versão
File > New Project > Version Control
Iniciando remotamente
Escolher clonar repositório do GitHub
Git
Versionamento
Versionamento
Comandos git para o fluxo de trabalho dos repositórios
Versionamento
Fluxo do versionamento
Versionamento
Fluxo do versionamento
- Diretório de trabalho (working directory): pasta com os arquivos [working tree] (.git)
- Preparação (staging area): arquivos adicionados para serem versionados [Index] (.git)
- Repositório (repository): versão consolidada dos arquivos [HEAD] (.git)
Versionamento
Versionamento
Versionamento
ATENÇÃO!
- Mensagens de commit são fundamentais
- Devem ser curtas e indicar as mudanças feitas nos arquivos/repositório
Versionamento
Ramificações
- Branch (ou ramo) é uma linha paralela de desenvolvimento
Ramificações
git merge: mescla as branches em uma única branch
Remoto
git push: envia suas alterações (commits) feitas localmente para o repositório remoto (GitHub)
Remoto
git pull: busca atualizações do repositório remoto e as traz para o repositório local, alterando a branch atual
Pull request
Pull Request: solicita que o repositório remoto original (GitHub) aceite (pull - ‘puxe’) as alterações realizadas do fork
Resumindo
Simplificado
Resumindo
Completo
Agradecimento mais que justo
Agradecimento à Beatriz Milz pelas figuras surrupiadas (eu pedi…)
Interface Gráfica do RStudio
Git Panel
- RStudio tem um cliente Git na aba “Git”
- Esse painel aparece em projetos que estejam versionados com git
Interface Gráfica do RStudio
Git Panel - Detalhes
Interface Gráfica do RStudio
Git Panel - Branches
Interface Gráfica do RStudio
Git Panel - Diff - Changes: Revisar mudanças
Interface Gráfica do RStudio
Git Panel - Diff - History: Histórico de mudanças
Interface Gráfica do RStudio
Git pane - Staged
Interface Gráfica do RStudio
Git pane - Staged e File status
Interface Gráfica do RStudio
Git pane - Commit
Interface Gráfica do RStudio
Git pane - Commit
Interface Gráfica do RStudio
Git pane - Push e Pull
renv
Gerenciamento de pacotes
- Cria um ambiente reprodutível (reproducible environment) e isolado de pacotes para cada projeto
- Armazena versões dos pacotes em
renv.lock
renv
Por que usar renv?
- Evita conflitos de versão funções mudam entre versões
- Reproduz resultados mesmo após atualizações do R
- Compartilha ambientes com colegas ou colaboradores
- Documenta automaticamente os pacotes usados
renv
Workflow
renv
Sistema de bibliotecas
R behaviour
renvrenv
Fluxo de uso
Documentação no R
Documentação no R
Documentação de pesquisa
Registro sistemático, claro e organizado das etapas de um projeto científico, desde o planejamento até a publicação
Garante que o trabalho possa ser entendido, verificado e reproduzido por outros pesquisadores
Documentação no R
Escrita científica
Documentação no R
Programação Literária
Programação literária é um paradigma de programação introduzido em 1984 por Donald Knuth (LaTeX), no qual um programa de computador é apresentado como uma explicação de como ele funciona em uma linguagem natural (e.g. inglês), intercalado (embutido) com trechos de macros e código-fonte tradicional, a partir dos quais um código-fonte compilável pode ser gerado.
Conceito inicial
Implementação moderna com Quarto
Quarto
Descrição
- Fornece uma estrutura para ciência de dados, combinando código, resultados e texto
- Documentos são totalmente reproduzíveis, automatizando a inclusão das últimas versões dos resultados e análises
Quartoé a nova geração do R Markdown
Quarto
Multiplas saídas
- Múltiplos formatos de saída: páginas web, PDFs, Word, sites, livros e mais
Quarto
Usos
Comunicação com tomadores de decisão ou público mais amplo, com foco nas conclusões, não nos códigos das análises
Colaboração com outros cientistas de dados, interessados tanto nas conclusões quanto nos códigos
Ambiente para fazer ciência de dados, como um caderno de laboratório moderno, registro do que foi feito e dos pensamentos
Quarto
Funcionamento
Quarto
Funcionamento
Quarto
Projeto Quarto
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd)
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd)
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Source editor
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Visual editor
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Renderizar
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
- YAML (Yet Another Markup Language): cabeçalho (início do
.qmd) onde são inseridas as configurações do documento (formatação, data, título, autor etc.), delimitado por---e--- - Texto: usa markdown como sua sintaxe de documento principal
- Códigos (chunks): blocos de códigos onde se insere códigos em R, Python, Julia e outros, delimitado por
```{r}e```
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
---
title: "Hello, Penguins"
format: html
execute:
echo: false
---
## Meet the penguins
The __penguins__ data contains size measurements for
penguins from three islands in the Palmer Archipelago,
Antarctica.
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
# ```{r}
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
# ```Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Anatomia
---
title: "Hello, Penguins"
format: html
execute:
echo: false
---
## Meet the penguins
The __penguins__ data contains size measurements for
penguins from three islands in the Palmer Archipelago,
Antarctica.
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Texto - markdown
Markdowné um formato de texto simples projetado para ser fácil de escrever e, ainda mais importante, fácil de lerQuartoé baseado noPandoce usa sua variação demarkdowncomo sintaxe de documento
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Código - chunk
The _three_ species of penguins have quite distinct
distributions of physical dimensions (@fig-penguins).
````{r}
#| label: fig-penguins
#| fig-cap: "Dimensions of penguins across three species."
#| warning: false
library(tidyverse, quietly = TRUE)
library(palmerpenguins)
penguins |>
ggplot(aes(x = flipper_length_mm, y = bill_length_mm)) +
geom_point(aes(color = species)) +
scale_color_manual(
values = c("darkorange", "purple", "cyan4")) +
theme_minimal()
````
Quarto
Arquivo Quarto (.qmd) - Código - chunk
Quarto
Galeria
Quarto
Quarto e GitHub
Podemos hospedar gratuitamente as saídas do Quarto de forma on-line no GitHub
Repositório > Settings > Pages > GitHub Pages
Shiny
Descrição
- Framework do R para criar aplicações web interativas
- Permite construir dashboards, painéis de visualização, e ferramentas analíticas
- Totalmente integrado ao R (sem necessidade de HTML/CSS/JS)
Shiny
Exemplo
- Disponibilização de redes de interação planta-dispersor na Mata Atlântica
