Introdução ao uso de dados geoespaciais no R

# Introdução ao uso de dados geoespaciais no R 
## PPG Ecologia, Evolução e Biodiversidade
### Maurício H. Vancine Milton C. Ribeiro
### UNESP - Rio Claro Laboratório de Ecologia Espacial e Conservação (LEEC)
### 25/10/2021-05/11/2021

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# Primeiramente, gostaria de agradecê-los pela presença na disciplina, sejam muito bem-vindas e bem-vindos!

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# Apresentações

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# Licença

## Attribution-NonCommercial-ShareAlike (CC BY-NC-SA)

- **Atribuição** — Você deve dar o crédito apropriado, prover um link para a licença e indicar se mudanças foram feitas. Você deve fazê-lo em qualquer circunstância razoável, mas de nenhuma maneira que sugira que o licenciante apoia você ou o seu uso

- **NãoComercial** — Você não pode usar o material para fins comerciais

- **CompartilhaIgual** — Se você remixar, transformar, ou criar a partir do material, tem de distribuir as suas contribuições sob a mesma licença que o original.

### Saiba mais em: [Creative Commons](https://br.creativecommons.net/licencas/)

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# Apresentações

## Edições

### 1.0 - Ministrada em 2019, a pedido do **Prof. Thiago Gonçalves Souza (Toyoyo)** na UFRPE

### 2.0 - Ministrada em 2020, a pedido do **Prof. Miltinho** na UNESP (remoto)

### 3.0 - Ministrada agora em 2021, a pedido do **Prof. Miltinho** na UNESP (remoto)

...

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# Apresentações

## Miltinho

### Quer se apresentar e apresentar a disciplina?

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# Apresentações

## Maurício Vancine

### Ecólogo (2014) | Mestre em Zoologia (2018) | Doutorando em Ecologia (2020)

**Pesquisa**
- Ecologia Espacial
- Modelagem Ecológica
- Ecologia e Conservação de Anfíbios

**Habilidades**
- Modelos de Distribuição de Espécies (SDMs)
- Análise de Dados Ecológicos e Geoespaciais
- *Open source* [R, QGIS, GRASS GIS, GNU/Linux, ...]

**Informações:**

[mauriciovancine.github.io](https://mauriciovancine.github.io)

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# Apresentações

## Participantes (~5-10 segundos)

### 1. Nome

### 2. Formação

### 3. O que faz ou pensa em fazer da vida?

### 4. Conhece algo de git, GitHub, R ou geoprocessamento?

### 5. O que "sente" ou "espera" em relação à disciplina?

### 6. Como pretende usar a parte geoespacial em seu projeto ou na vida?

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# Apresentações

## Informações

### Carga horária

60 h (4 créditos)

### Participantes

Sei lá...

### Aulas expositivas

Teórico-prático:  [09:00 h - 12:00 h | 14:00 h - 17:00 h] (30 horas)

### Avaliação

Desenvolvimento de um projeto prático: [09:00 h - 12:00 h | 14:00 h - 17:00 h] (30 horas)

Vou atendê-los: [09:00 h - 12:00 h]

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# Apresentações

## Disciplina prática

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# Apresentações

## Conteúdo

### 1 Controle de versão, git e GitHub

.pull-left[
1 Conferir os computadores  
2 Controle de versão  
3 git e GitHub  
4 Funcionamento do controle de versão  
5 GitHub: Fork  
6 Configuração: RStudio, git, GitHub  
7 Iniciando localmente: git init  
8 Iniciando remotamente: git clone  
9 Versionamento: git add, git commit e git status  
10 Ignorando: .gitignore  
11 Histórico: git log e git show  
12 Diferenças: git diff
]
.pull-right[
13 Desfazer: git revert e git reset  
14 Ramificações: git branch, git switch e git merge  
15 Remoto: git remote, git push e git pull  
16 GitHub: Pull request  
17 Detalhes do repositório do GitHub  
18 Interface gráfica do RStudio  
19 Principal material de estudo
]

[git](https://git-scm.com/), [GitHub](https://github.com/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 2 Funcionamento da linguagem R

1. Linguagem R
1. RStudio
1. Console
1. Scripts
1. Operadores
1. Objetos
1. Funções
1. Pacotes
1. Ajuda
1. Ambiente
1. Citações
1. Principais erros
1. Principal material de estudo

[R](https://www.r-project.org/), [RStudio](https://www.rstudio.com/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 3 Estrutura e manipulação de dados

1. Atributos dos objetos
1. Manipulação de dados unidimensionais
1. Manipulação de dados multidimensionais
1. Valores faltantes e especiais
1. Diretório de trabalho
1. Importar dados
1. Conferência de dados importados
1. Exportar dados

[R Programming – Beginners Guide To R Programming Language](https://www.edureka.co/blog/r-programming-language)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 4 Introdução ao tidyverse

1. Contextualização
1. tidyverse
1. here
1. readr, readxl e writexl
1. tibble
1. magrittr (pipe - %>%)
1. tidyr
1. dplyr
1. stringr
1. forcats
1. lubridate
1. purrr

[tidyverse](https://www.tidyverse.org/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 5 Visualização de dados

1. Contextualização
1. Pacotes para produção de gráficos
1. Gramática dos gráficos
1. Principal material de estudo 
1. Principais tipos de gráficos 
1. Histograma e Densidade
1. Gráfico de setores
1. Gráfico de barras
1. Gráfico de caixas
1. Gráfico de dispersão
1. Gráfico pareado
1. Combinando gráficos
1. Gráficos animados
1. Gráficos interativos
1. Gráficos usando interface
[ggplot2](https://ggplot2.tidyverse.org/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 6 Estrutura e fonte de dados geoespaciais

1. Geoprocessamento
1. Cartografia
1. *Global Positioning System* (GPS)
1. Sensoriamento Remoto
1. Sistema de Informação Geográfica (SIG)
1. Dados geoespaciais
1. Dados vetoriais
1. Dados matriciais (gride ou raster)
1. Conversão de dados geoespaciais (vetor-raster)
1. Banco de dados geoespaciais
1. Principais fontes de dados geoespaciais
1. Principal material de estudo

[Shin et al. (2017)](https://catalog.flatworldknowledge.com/catalog/editions/campbell_2_1-essentials-of-geographic-information-systems-2-1)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 7 Estrutura e manipulação de dados vetoriais

1. Principais pacotes
1. Geometrias sf
1. Classes sf
1. Importar dados vetoriais
1. Descrição de objetos sf
1. Converter objetos para sf
1. Converter CRS de objetos sf
1. Operações de objetos sf
1. Exportar objetos sf

[Lovelace et al. (2019)](https://geocompr.robinlovelace.net/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 8 Estrutura e manipulação de dados matriciais

1. Principais pacotes
1. Classes raster
1. Importar dados matriciais
1. Descrição de objetos raster
1. Converter CRS de objetos raster
1. Operações de objetos raster
1. Interações raster-vetor
1. Conversões raster-vetor
1. Índices espectrais
1. Exportar objetos raster

[Lovelace et al. (2019)](https://geocompr.robinlovelace.net/)

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# Apresentações

## Conteúdo

### 9 Visualização de dados geoespaciais

1. Elementos de um mapa
1. Pacotes para produção de mapas
1. Mapas estáticos
1. Mapas animados
1. Mapas interativos

[ggplot2](https://ggplot2.tidyverse.org/), [tmap](https://r-tmap.github.io/tmap/), [mapsf](https://riatelab.github.io/mapsf/), [leaflet](https://rstudio.github.io/leaflet/), [mapview](https://r-spatial.github.io/mapview/)

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# Apresentações

## Slides

### Todos os slides estão disponibilizados em .html e .pdf

[xaringan](https://slides.yihui.org/xaringan)

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# Apresentações

## Material

### O material da disciplina pode ser acessado nesse repositório

[Repositório no GitHub](https://github.com/mauriciovancine/course-geospatial-data-r)

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# Apresentações

## Material

### Vamos usar dados geoespaciais de Rio Claro/SP

[FBDS](https://www.fbds.org.br/),
[SRTM](https://srtm.csi.cgiar.org/),
[WorldClim](https://www.worldclim.org/)

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# Apresentações

## Avaliação

### A avaliação será desenvolver um projeto do início ao fim

**Repositório**

- Criar e versionar um repositório no GitHub
- Baixar e organizar um conjunto de dados
- Usaremos os data papers pata a Mata Atlântica, Brasil e Neotrópicos

**Proposta e análise**

- Propor e realizar análises geoespaciais e estatísticas (coisa leve para não complicar)
- Apresentar esses resultados na forma de seminário no dia 05/11

**Critérios de avaliação**

- Participação, repositório e apresentação final

[Data papers](https://marcoarmello.wordpress.com/2017/09/11/datapaper/)

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# Apresentações

## Avaliação

### 8 Grupos pré-definidos aleatoriamente com nomes de frutas da Mata Atlântica

- G1-Araçá      
- G2-Uvaia     
- G3-Juçara    
- G4-Cambuci
- G5-Pitangatuba  
- G6-Grumixama      
- G7-Butiá  
- G8-Guabiroba

### Grupos fechados até quarta-feira (27/10)

### Comunicação através de grupos no Discord

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# Todas e todas de acordo?

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# IMPORTANTE!

## Pontos fundamentais

### Disciplina de pós-graduação **à distância** é complicado...

### Com certeza **teremos alguns problemas...**

### Entretanto, o foco será o **ensino**, então tenhamos **paciência**

### Por favor, **perguntem** e **me interrompam**!

### O principal objetivo é que vocês **aprendam**!

[@allison_horst](https://twitter.com/allison_horst)

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# IMPORTANTE!

## Espaço seguro e amigável

### Sintam-se à vontade para me interromper e tirar dúvidas

[@allison_horst](https://twitter.com/allison_horst)

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# Dúvidas?

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## Maurício Vancine

Contatos:

Slides criados via pacote [xaringan](https://github.com/yihui/xaringan) e tema [Metropolis](https://github.com/pat-s/xaringan-metropolis). Animação dos sapos por [@probzz](https://twitter.com/probzz/status/1367613720294170627).