| APPs | Tipo | Descrição |
|---|---|---|
| Scimago Graphica | Gráficos e mapas | Software simples e intuitivo para criação de gráficos científicos e matemáticos; sendo muito útil para fins educacionais e acadêmicos |
| Gnuplot | Gráficos | Programa poderoso para criação de gráficos 2D e 3D; com suporte a várias saídas (PDF; PNG; SVG) e integração com linguagens como Python e LaTeX |
| SciDAVis | Gráficos | Ferramenta focada em análise de dados e geração de gráficos científicos; com interface amigável |
| LabPlot | Gráficos | Similar ao Origin; ideal para criar gráficos e analisar dados com suporte para scripts em Python |
| Plotly | Gráficos | Ferramenta interativa baseada em Python; R ou navegador; que pode ser usada offline para gráficos sofisticados |
| Flourish | Gráficos | Plataforma online gratuita que permite criar visualizações de dados interativas e atraentes; mesmo sem conhecimento prévio de programação |
| Veusz | Gráficos | Cria gráficos científicos de alta qualidade; projetado para ser fácil de usar; flexível e altamente configurável; atendendo às necessidades de pesquisadores; engenheiros e outros profissionais que precisam de gráficos precisos e visualmente atraentes |
| RAWGraphs | Gráficos | Estrutura de visualização de dados de código aberto construída com o objetivo de tornar a representação visual de dados complexos fácil para todos |
| SAGA GIS | Mapas | Voltado para análises espaciais e visualização de dados geoespaciais; incluindo mapeamento temático |
| DIVA-GIS | Mapas | Específico para mapeamento de biodiversidade e análise geográfica básica |
| GeoDa | Mapas | Ferramenta especializada em análises espaciais estatísticas; com suporte a mapas temáticos |
| OrbisGIS | Mapas | Focado em SIG e criação de mapas com funcionalidades para análise espacial |
| ILWIS (Integrated Land and Water Information System) | Mapas | Excelente para processamento de imagens; análise geográfica e criação de mapas |
| uDig (User-friendly Desktop Internet GIS) | Mapas | SIG open-source com foco em facilidade de uso e suporte a mapeamento interativo |
| OpenJump GIS | Mapas | Ferramenta leve para análise espacial e criação de mapas básicos; compatível com diversos formatos |
| TerraView | Mapas | Desenvolvido pelo INPE; permite análise e visualização de dados espaciais com foco em mapas temáticos |
| MapWindow GIS | Mapas | SIG focado em visualização e análise espacial; com funcionalidades básicas de edição de mapas |
| Marble | Mapas | Um globo virtual semelhante ao Google Earth; com recursos de visualização geoespacial |
Fontes de dados de biodiversidade
Lista das principais fontes e pacotes do R de dados de biodiversidade.
Dados
Biodiversidade
Ocorrências
Atributos funcionais
Filogenia
Genética
Contextualização
Desde minha graduação, sempre trabalhei com dados secundários. Dados secundários são dados que alguém coletou em campo e que você organizou.
Dados primários são dados que você mesmo coletou em campo. E como “dados são o novo ouro” como dizem por aí, nada melhor que ter isso junto num único lugar.
Pensando nisso, escrevi esse post para reunir as bases de dados e artigos que conheço (Tabela 1), com muita ajuda do Thiago Gonçalvez Souza. Também listei os pacotes no R que fazem essa busca.
Dados de ocorrências
Dados de ciência cidadã
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| Táxeus | |
| eBird | |
| iNaturalist | |
| Wikiaves | |
| Xeno-canto |
Dados de comunidades ecológicas
Dados de taxonomia
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| Amphibian Species of the World | |
| AmphibiaWeb | |
| ReptileDB | |
| AntWeb | |
| Programa REFLORA | |
| World Flora Online | |
| The Plant List |
Dados de biogeografia
Dados de movimento
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| Movebank |
Dados de vocalização
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| Wikiaves | |
| Xeno-canto |
Dados de traços funcionais
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| AmphiBIO | Banco de dados de traits de plantas para os Andes |
| SpiderTraits | |
| GlobalAnts | |
| TRY | |
| LizardTraits | |
| EltonTraits | |
| TetrapodTraits | |
| Body sizes and diversification rates of lizards, snakes, amphisbaenians and the tuatara | |
| FunAndes – A functional trait database of Andean plants | |
| AVONET |
Dados filogenéticos
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| phylomeDB |
Dados genéticos
| Bases de dados | Descrição |
|---|---|
| genbank | |
| Sistema de Informação de Coleções de Interesse Biotecnológico (SICol) | |
| GenRefBR | Referências Genômicas de Espécies Brasileiras |
Pacotes no R
Artigos
Bello, C., Galetti, M., Montan, D., Pizo, M. A., Mariguela, T. C., Culot, L., Bufalo, F., Labecca, F., Pedrosa, F., Constantini, R., Emer, C., Silva, W. R., da Silva, F. R., Ovaskainen, O., & Jordano, P. (2017). Atlantic frugivory: A plant-frugivore interaction data set for the Atlantic Forest. Ecology, 98(6), 1729–1729. https://doi.org/10.1002/ecy.1818
Boscolo, D., Nobrega Rodrigues, B., Ferreira, P. A., Lopes, L. E., Tonetti, V. R., Reis dos Santos, I. C., Hiruma-Lima, J. A., Nery, L., Baptista de Lima, K., Perozi, J., Freitas, A. V. L., Viana, B. F., Antunes-Carvalho, C., Amorim, D. de S., Freitas de Oliveira, F., Groppo, M., Absy, M. L., de Almeida-Scabbia, R. J., Alves-Araújo, A., … Ribeiro, M. C. (2023). Atlantic flower–invertebrate interactions: A data set of occurrence and frequency of floral visits. Ecology, 104(3), e3900. https://doi.org/10.1002/ecy.3900
Bovendorp, R. S., Villar, N., de Abreu-Junior, E. F., Bello, C., Regolin, A. L., Percequillo, A. R., & Galetti, M. (2017). Atlantic small-mammal: A dataset of communities of rodents and marsupials of the Atlantic forests of South America. Ecology, 98(8), 2226–2226. https://doi.org/10.1002/ecy.1893
Culot, L., Pereira, L. A., Agostini, I., Almeida, M. A. B., Alves, R. S. C., Aximoff, I., Bager, A., Baldovino, M. C., Bella, T. R., Bicca‐Marques, J. C., Braga, C., Brocardo, C. R., Campelo, A. K. N., Canale, G. R., Cardoso, J. da C., Carrano, E., Casanova, D. C., Cassano, C. R., Castro, E., … Galetti, M. (2019). ATLANTIC PRIMATES: a dataset of communities and occurrences of primates in the Atlantic Forests of South America. Ecology, 100(1). https://doi.org/10.1002/ecy.2525
Figueiredo, M. S. L., Barros, C. S., Delciellos, A. C., Guerra, E. B., Cordeiro-Estrela, P., Kajin, M., Alvarez, M. R., Asfora, P. H., Astúa, D., Bergallo, H. G., Cerqueira, R., Geise, L., Gentile, R., Grelle, C. E. V., Iack-Ximenes, G. E., Oliveira, L. C., Weksler, M., & Vieira, M. V. (2017). Abundance of small mammals in the Atlantic Forest (ASMAF): A data set for analyzing tropical community patterns. Ecology, 98(11), 2981–2981. https://doi.org/10.1002/ecy.2005
Franceschi, I. C., Dornas, R. A. da P., Lermen, I. S., Coelho, A. V. P., Vilas Boas, A. H., Chiarello, A. G., Paglia, A. P., de Souza, A. C., Borsekowsky, A. R., Rocha, A., Bager, A., de Souza, A. Z., Lopes, A. M. C., de Moura, A. S., Ferreira, A. S., García-Olaechea, A., Delciellos, A. C., Bacellar, A. E. de F., Campelo, A. K. N., … Coelho, I. P. (2024). Camera trap surveys of Atlantic Forest mammals: A data set for analyses considering imperfect detection (2004–2020). Ecology, n/a(n/a), e4298. https://doi.org/10.1002/ecy.4298
Gonçalves, F., Bovendorp, R. S., Beca, G., Bello, C., Costa-Pereira, R., Muylaert, R. L., Rodarte, R. R., Villar, N., Souza, R., Graipel, M. E., Cherem, J. J., Faria, D., Baumgarten, J., Alvarez, M. R., Vieira, E. M., Cáceres, N., Pardini, R., Leite, Y. L. R., Costa, L. P., … Galetti, M. (2018). ATLANTIC MAMMAL TRAITS: A data set of morphological traits of mammals in the Atlantic Forest of South America. Ecology, 99(2), 498–498. https://doi.org/10.1002/ecy.2106 Gonçalves, F., Hannibal, W., Godoi, M. N., Martins, F. I., Oliveira, R. F., Figueiredo, V. V., Casella, J., & de Sá, É. F. G. G. (2018). Non-volant mammals from the Upper Paraná River Basin: A data set from a critical region for conservation in Brazil. Ecology, 99(2), 499–499. https://doi.org/10.1002/ecy.2107
Hasui, É., Metzger, J. P., Pimentel, R. G., Silveira, L. F., Bovo, A. A. d. A., Martensen, A. C., Uezu, A., Regolin, A. L., Bispo de Oliveira, A. Â., Gatto, C. A. F. R., Duca, C., Andretti, C. B., Banks-Leite, C., Luz, D., Mariz, D., Alexandrino, E. R., de Barros, F. M., Martello, F., Pereira, I. M. d. S., … Ribeiro, M. C. (2018). ATLANTIC BIRDS: A data set of bird species from the Brazilian Atlantic Forest. Ecology, 99(2), 497–497. https://doi.org/10.1002/ecy.2119 Iamara-Nogueira, J., Targhetta, N., Allain, G., Gambarini, A., Pinto, A. R., Rui, A. M., Araújo, A. C., Lopes, A., Pereira-Silva, B., de Camargo, B. B., Machado, C. G., Missagia, C., Scultori, C., Boscolo, D., Fischer, E., Araújo-Oliveira, E. S., Gava, H., Paulino-Neto, H. F., Machado, I. C., … Buzato, S. (2022). ATLANTIC POLLINATION: A data set of flowers and interaction with nectar-feeding vertebrates from the Atlantic Forest. Ecology, 103(2), e03595. https://doi.org/10.1002/ecy.3595
Lima, F., Beca, G., Muylaert, R. L., Jenkins, C. N., Perilli, M. L. L., Paschoal, A. M. O., Massara, R. L., Paglia, A. P., Chiarello, A. G., Graipel, M. E., Cherem, J. J., Regolin, A. L., Oliveira Santos, L. G. R., Brocardo, C. R., Paviolo, A., Di Bitetti, M. S., Scoss, L. M., Rocha, F. L., Fusco-Costa, R., … Galetti, M. (2017). ATLANTIC-CAMTRAPS: A dataset of medium and large terrestrial mammal communities in the Atlantic Forest of South America. Ecology, 98(11), 2979–2979. https://doi.org/10.1002/ecy.1998
Muylaert, R. d. L., Stevens, R. D., Esbérard, C. E. L., Mello, M. A. R., Garbino, G. S. T., Varzinczak, L. H., Faria, D., Weber, M. d. M., Kerches Rogeri, P., Regolin, A. L., Oliveira, H. F. M. d., Costa, L. d. M., Barros, M. A. S., Sabino-Santos, G., Crepaldi de Morais, M. A., Kavagutti, V. S., Passos, F. C., Marjakangas, E.-L., Maia, F. G. M., … Galetti, M. (2017). ATLANTIC BATS: A data set of bat communities from the Atlantic Forests of South America. Ecology, 98(12), 3227–3227. https://doi.org/10.1002/ecy.2007
Ramos, F. N., Mortara, S. R., Monalisa‐Francisco, N., Elias, J. P. C., Neto, L. M., Freitas, L., Kersten, R., Amorim, A. M., Matos, F. B., Nunes‐Freitas, A. F., Alcantara, S., Alexandre, M. H. N., Almeida‐Scabbia, R. J., Almeida, O. J. G., Alves, F. E., Oliveira Alves, R. M., Alvim, F. S., Andrade, A. C. S., Andrade, S., … Ribeiro, M. C. (2019). ATLANTIC EPIPHYTES: a data set of vascular and non‐vascular epiphyte plants and lichens from the Atlantic Forest. Ecology, 100(2), e02541. https://doi.org/10.1002/ecy.2541
Rodrigues, R. C., Hasui, É., Assis, J. C., Pena, J. C. C., Muylaert, R. L., Tonetti, V. R., Martello, F., Regolin, A. L., Costa, T. V. V. da, Pichorim, M., Carrano, E., Lopes, L. E., Vasconcelos, M. F. de, Fontana, C. S., Roos, A. L., Gonçalves, F., Banks‐Leite, C., Cavarzere, V., Efe, M. A., … Ribeiro, M. C. (2019). ATLANTIC BIRD TRAITS: a data set of bird morphological traits from the Atlantic forests of South America. Ecology, e02647. https://doi.org/10.1002/ecy.2647
Santos, J. P. dos, Freitas, A. V. L., Brown, K. S., Carreira, J. Y. O., Gueratto, P. E., Rosa, A. H. B., Lourenço, G. M., Accacio, G. M., Uehara‐Prado, M., Iserhard, C. A., Richter, A., Gawlinski, K., Romanowski, H. P., Mega, N. O., Teixeira, M. O., Moser, A., Ribeiro, D. B., Araujo, P. F., Filgueiras, B. K. C., … Ribeiro, M. C. (2018). Atlantic butterflies: A data set of fruit‐feeding butterfly communities from the Atlantic forests. Ecology, 99(12), 2875–2875. https://doi.org/10.1002/ecy.2507
Silva, R. R., Martello, F., Feitosa, R. M., Silva, O. G. M., do Prado, L. P., Brandão, C. R. F., de Albuquerque, E. Z., Morini, M. S. C., Delabie, J. H. C., dos Santos Monteiro, E. C., Emanuel Oliveira Alves, A., Wild, A. L., Christianini, A. V., Arnhold, A., Casadei Ferreira, A., Oliveira, A. M., Santos, A. D., Galbán, A., de Oliveira, A. A., … Ribeiro, M. C. (2022). ATLANTIC ANTS: A data set of ants in Atlantic Forests of South America. Ecology, 103(2), e03580. https://doi.org/10.1002/ecy.3580
Souza, Y., Gonçalves, F., Lautenschlager, L., Akkawi, P., Mendes, C., Carvalho, M. M., Bovendorp, R. S., Fernandes-Ferreira, H., Rosa, C., Graipel, M. E., Peroni, N., Cherem, J. J., Bogoni, J. A., Brocardo, C. R., Miranda, J., Silva, L. Z. da, Melo, G., Cáceres, N., Sponchiado, J., … Galetti, M. (2019). ATLANTIC MAMMALS: A data set of assemblages of medium- and large-sized mammals of the Atlantic Forest of South America. Ecology, 100(10), e02785. https://doi.org/10.1002/ecy.2785
Tobias, J. A., Sheard, C., Pigot, A. L., Devenish, A. J. M., Yang, J., Sayol, F., Neate‐Clegg, M. H. C., Alioravainen, N., Weeks, T. L., Barber, R. A., Walkden, P. A., MacGregor, H. E. A., Jones, S. E. I., Vincent, C., Phillips, A. G., Marples, N. M., Montaño‐Centellas, F. A., Leandro‐Silva, V., Claramunt, S., … Schleuning, M. (2022). AVONET: Morphological, ecological and geographical data for all birds. Ecology Letters, 25(3), 581–597. https://doi.org/10.1111/ele.13898
Vancine, M. H., Duarte, K. da S., de Souza, Y. S., Giovanelli, J. G. R., Martins-Sobrinho, P. M., López, A., Bovo, R. P., Maffei, F., Lion, M. B., Ribeiro Júnior, J. W., Brassaloti, R., da Costa, C. O. R., Sawakuchi, H. O., Forti, L. R., Cacciali, P., Bertoluci, J., Haddad, C. F. B., & Ribeiro, M. C. (2018). ATLANTIC AMPHIBIANS: A data set of amphibian communities from the Atlantic Forests of South America. Ecology, 99(7), 1692–1692. https://doi.org/10.1002/ecy.2392
Fonte da imagem: Diana/Pexels.